add readme and downloading slurm script

README.md

+## Reproduciable workflow for downloading and preprocessing single-sperm DNA sequencing data from Hinch et al 2019
+
+

SRR_Acc_List_hinch.txt

+SRR8454653
+SRR8454654
+SRR8454655
+SRR8454656
+SRR8454657
+SRR8454658
+SRR8454659
+SRR8454660
+SRR8454661
+SRR8454662
+SRR8454663
+SRR8454665
+SRR8454666
+SRR8454667
+SRR8454668
+SRR8454669
+SRR8454670
+SRR8454671
+SRR8454672
+SRR8454674
+SRR8454675
+SRR8454676
+SRR8454677
+SRR8454678
+SRR8454679
+SRR8454680
+SRR8454681
+SRR8454682
+SRR8454683
+SRR8454684
+SRR8454686
+SRR8454687
+SRR8454688
+SRR8454689
+SRR8454690
+SRR8454691
+SRR8454692
+SRR8454693
+SRR8454695
+SRR8454696
+SRR8454697
+SRR8454698
+SRR8454699
+SRR8454700
+SRR8454701
+SRR8454702
+SRR8454703
+SRR8454704
+SRR8454705
+SRR8454706
+SRR8454707
+SRR8454708
+SRR8454709
+SRR8454710
+SRR8454711
+SRR8454712
+SRR8454713
+SRR8454714
+SRR8454715
+SRR8454716
+SRR8454717
+SRR8454718
+SRR8454719
+SRR8454720
+SRR8454721
+SRR8454722
+SRR8454723
+SRR8454724
+SRR8454725
+SRR8454726
+SRR8454727
+SRR8454728
+SRR8454729
+SRR8454730
+SRR8454731
+SRR8454732
+SRR8454733
+SRR8454734
+SRR8454735
+SRR8454736
+SRR8454737
+SRR8454738
+SRR8454739
+SRR8454740
+SRR8454741
+SRR8454742
+SRR8454743
+SRR8454744
+SRR8454745
+SRR8454747
+SRR8454748
+SRR8454749
+SRR8454750
+SRR8454751
+SRR8454752
+SRR8454753
+SRR8454755
+SRR8454756
+SRR8454757
+SRR8454758
+SRR8454759
+SRR8454760
+SRR8454761
+SRR8454762
+SRR8454763
+SRR8454764
+SRR8454767
+SRR8454769
+SRR8454770
+SRR8454771
+SRR8454772
+SRR8454773
+SRR8454774
+SRR8454777
+SRR8454778
+SRR8454779
+SRR8454781
+SRR8454782
+SRR8454783
+SRR8454784
+SRR8454785
+SRR8454786
+SRR8454787
+SRR8454788
+SRR8454789
+SRR8454790
+SRR8454791
+SRR8454792
+SRR8454793
+SRR8454794
+SRR8454795
+SRR8454797
+SRR8454798
+SRR8454799
+SRR8454800
+SRR8454801
+SRR8454802
+SRR8454804
+SRR8454805
+SRR8454806
+SRR8454807
+SRR8454808
+SRR8454809
+SRR8454810
+SRR8454811
+SRR8454812
+SRR8454814
+SRR8454815
+SRR8454816
+SRR8454817
+SRR8454818
+SRR8454819
+SRR8454820
+SRR8454821
+SRR8454822
+SRR8454823
+SRR8454824
+SRR8454825
+SRR8454827
+SRR8454829
+SRR8454830
+SRR8454831
+SRR8454833
+SRR8454834
+SRR8454835
+SRR8454836
+SRR8454837
+SRR8454838
+SRR8454839
+SRR8454843
+SRR8454844
+SRR8454845
+SRR8454846
+SRR8454847
+SRR8454848
+SRR8454849
+SRR8454850
+SRR8454851
+SRR8454852
+SRR8454853
+SRR8454854
+SRR8454855
+SRR8454856
+SRR8454857
+SRR8454860
+SRR8454861
+SRR8454862
+SRR8454863
+SRR8454864
+SRR8454865
+SRR8454866
+SRR8454868
+SRR8454869
+SRR8454870
+SRR8454871
+SRR8454859
+SRR8454780
+SRR8454754
+SRR8454768
+SRR8454765
+SRR8454694
+SRR8454766
+SRR8454775
+SRR8454813
+SRR8454858
+SRR8454664
+SRR8454673
+SRR8454685
+SRR8454746
+SRR8454776
+SRR8454803
+SRR8454828
+SRR8454840
+SRR8454842
+SRR8454867
+SRR8454796
+SRR8454826
+SRR8454832
+SRR8454841

submit-wgetSRAFastqdump.sh

+#!/bin/bash
+
+#SBATCH --ntasks=8
+#SBATCH --time=100:15:00
+#SBATCH --mem=8048
+#SBATCH --array=46-63%1
+#SBATCH --output=fastqDumper%A_%a.out
+#SBATCH --partition=primary
+
+echo "SLURM_JOBID: " $SLURM_JOBID
+echo "SLURM_ARRAY_TASK_ID: " $SLURM_ARRAY_TASK_ID
+echo "SLURM_ARRAY_JOB_ID: " $SLURM_ARRAY_JOB_ID
+
+scc=$(cat srr_failed.txt | sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}"p")
+
+echo $scc
+
+#mkdir $scc
+
+#wget --output-document=${scc}/${scc}.sra https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-run-2/${scc}/${scc}.1
+#mv ${scc}/${scc}.sra ${scc}/${scc}
+fasterq-dump --split-files --outdir data/${scc}/ --threads 8 ${scc}/${scc}